सांसद ने महात्मा गांधी के हत्यारे नाथू राम गोडसे का नाम लिये बिना उसे 'सच्चा देशभक्त' कहा था। कांग्रेस के राज्यसभा सांसद रिपुन बोरा ने कहा, "जब आप एक आतंकी हमले की आरोपी को संसद भेजते हैं, तो आपको यही मिलता है। प्रज्ञा जैसी इंसान क्या कहेंगी? आतंकी आरोपी हमेशा आतंकवादियोंकी ही प्रशंसा करेगा। क्या अब प्रधानमंत्री फिर से कहेंगे कि 'मैं उसे माफ नहीं कर पाऊंगा'।"

असम कांग्रेस के प्रमुख बोरा ने कहा, "गोडसे स्वतंत्र भारत का पहला आतंकवादी था।"

कांग्रेस नेता दिग्विजय सिंह द्वारा गोडसे को स्वतंत्र भारत का पहला आतंकवादी कहने पर भोपाल की भाजपा सांसद ठाकुर ने मंगलवार को उज्जैन में कहा, "कांग्रेस ने हमेशा देश के सच्चे देशभक्तों के साथ दुर्व्यवहार किया है। यहां तक कि उन्होंने 'भगवा आतंक' शब्द का इस्तेमाल किया। क्या अधिक असंवेदनशीलता की जरूरत है? मेरे पास कहने के लिए और कुछ नहीं है।"

हालांकि, ठाकुर ने गोडसे का नाम नहीं लिया था। वैसे यह पहली बार नहीं है कि ठाकुर ने विवादों को हवा दी है। 2019 के लोकसभा चुनावों में, वह कई बार विवादों में घिरी थीं। प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी को उद्धृत करते हुए 17 मई, 2019 को भाजपा ने अपने ट्विटर हैंडल पर कहा था, "प्रज्ञा ठाकुर द्वारा गोडसे और महात्मा गांधी को लेकर दिए गए बयान गलत हैं। हालांकि उन्होंने माफी मांगी है, लेकिन मैं उन्हें कभी भी क्षमा नहीं कर पाऊंगा।"