पारिवारिक सूत्रों के मुताबिक, सिंह शनिवार रात उत्तर प्रदेश की राजधानी लखनऊ के बख्शी का तालाब डिग्री कॉलेज में ठहरे थे। वहीं, उन्होंने अंतिम सांस ली।
भगवती सिंह का अंतिम संस्कार नहीं किया जाएगा। उन्होंने बहुत पहले ही किंग जॉर्ज मेडिकल यूनिवर्सिटी को अपनी देह दान कर दी थी।
भगवती सिंह के निधन से पार्टी में शोक की लहर है। सपा अध्यक्ष अखिलेश यादव ने उनके निधन पर गहरा शोक व्यक्त किया है।

अखिलेश ने ट्वीट किया, ‘‘समाजवादी पार्टी के संस्थापक सदस्य, पूर्व सांसद एवं पूर्व मंत्री भगवती सिंह जी का लखनऊ में निधन, अत्यंत दुखद! शोकाकुल परिजनों के प्रति संवेदना! ईश्वर दिवंगत आत्मा को शांति एवं शोक संतप्त परिजनों को इस दुख की घड़ी में संबल प्रदान करे। भावभीनी श्रद्धांजलि!’
सपा के संस्थापक सदस्य होने और पार्टी संरक्षक मुलायम सिंह यादव के संघर्ष के दिनों से ही उनके साथ रहने की वजह से भगवती सिंह को यादव के करीबियों में गिना जाता था।